Hlavním rozdílem je rozdíl v aktivním materiálu. Aktivní materiál sekundární baterie je reverzibilní, zatímco aktivní materiál primární baterie není reverzibilní. Samovybíjení primární baterie je mnohem menší než u sekundární baterie, ale vnitřní odpor je mnohem větší než u sekundární baterie, takže kapacita zatížení je nižší.
Kromě toho je hmotnostně specifická kapacita a objemově specifická kapacita primární baterie větší než u běžných dobíjecích baterií.
