Hlavní funkcí hydrotermálního řídicího systému je udržovat tepelnou rovnováhu systému palivových článků, rekuperovat přebytečné teplo a provádět přídavné vytápění při spuštění systému palivových článků, aby se zajistilo, že vnitřek sady palivových článků může rychle dosáhnout vhodný teplotní rozsah a zajistit, aby katoda byla v nejlepší pracovní oblasti na obou stranách anody.
Systém řízení ohřevu vody se skládá především z elektronického termostatu, elektronického vodního čerpadla, radiátoru, deionizéru a expanzní nádoby.
Funkcí elektronického termostatu je upravit průtok vody velkého a malého oběhu v chladicím systému úpravou otvoru tak, aby bylo dosaženo přesné regulace teploty.