Hlavním rozdílem je rozdíl v aktivním materiálu. Aktivní materiál sekundární baterie je vratný, zatímco aktivní materiál primární baterie reverzibilní není. Samovybíjení primární baterie je mnohem menší než u sekundární baterie, ale vnitřní odpor je mnohem větší než u sekundární baterie, takže nosnost je nižší.
Kromě toho je hmotnostně specifická kapacita a objemová specifická kapacita primární baterie větší než u běžných dobíjecích baterií.
