Dnes jsou náklady na výrobu zeleného vodíku stále vysoké. Ve zprávě zveřejněné v loňském roce (s použitím 2018 údajů) Mezinárodní energetická agentura odhadla cenu zeleného vodíku na 3 až 7,5 USD za kilogram, zatímco náklady na výrobu vodíku dodatečně vybaveného parním metanem byly 0,90 až 3,20 USD za kilogram. kilo. Snížení nákladů na elektrolyzéry je zásadní pro snížení ceny zeleného vodíku, ale bude to vyžadovat čas a rozsah. Mezinárodní energetická agentura loni uvedla, že náklady na elektrolyzér by se mohly do roku 2040 snížit na polovinu z dnešních asi 840 dolarů za kilowatt kapacity. Obchodní případ zeleného vodíku vyžaduje hodně levné obnovitelné elektřiny, protože značná část procesu elektrolýzy je ztracena. Elektrolyzéry mají podle společnosti Shell účinnost mezi 60 a 80 procenty.
Mnoho aplikací může vyžadovat zelený vodík pro pohon palivových článků, což vede k dalším ztrátám, které činí problém účinnosti ještě závažnějším. Někteří pozorovatelé spekulují, že výroba zeleného vodíku by mohla absorbovat přebytečnou kapacitu obnovitelné energie ve velkých výrobních centrech, jako jsou evropské pobřežní větrné farmy. Vzhledem k tomu, že náklady na elektrolyzéry zůstávají vysoké, je otázkou, zda budou vývojáři projektů zeleného vodíku ochotni nechat své elektrolyzéry nečinně, dokud ceny obnovitelné energie neklesnou na určitou úroveň. Vzhledem k tomu, že BP a Shell již zvažují, je pravděpodobnější, že vývojáři postaví elektrárny na výrobu zeleného vodíku v oblastech bohatých na zdroje a vybaví je vyhrazenými prostředky na výrobu energie z obnovitelných zdrojů.
