Přepěťová ochrana a bleskojistka sice oba musí zabránit přepětí, zejména zabránit funkci přepětí bleskem, ale existuje mnoho rozdílů v aplikaci.
1) Bleskojistka má několik úrovní napětí, od 0,38 kV nízkého napětí do 500 KV uHV, a přepěťová ochrana obecně pouze produkty nízkého napětí;
2) Bleskojistka se většinou instaluje na primární systém pro zamezení přímého pronikání bleskových vln, přepěťová ochrana se většinou instaluje na sekundární systém, což je doplňkové opatření, kdy bleskojistka eliminuje přímý průnik bleskových vln nebo bleskojistka neeliminuje čisté bleskové vlny;
3) Bleskojistky se používají k ochraně elektrických zařízení, přepěťové ochrany se většinou používají k ochraně elektronických přístrojů nebo měřičů;
4) Vzhledem k tomu, že bleskojistka je připojena k elektrickému primárnímu systému, měl by existovat dostatečný externí izolační výkon, vnější velikost je relativně velká a přepěťová ochrana je připojena k nízkému napětí, velikost může být velmi malá.